AutoDock4.2.6 Part-1 Installation and Preparing your system

AutoDock4.2.6 Part-1 Installation and Preparing your system

Como Instalar e Preparar o AutoDock 4.2.6

Introdução ao Tutorial

  • Dr. Naga Prashanth Kuprovi apresenta um tutorial em vídeo sobre como usar o AutoDock 4.2.6, dividido em partes de 1 a 9.
  • O primeiro passo é discutir a instalação do AutoDock e preparar o sistema, incluindo a cópia de arquivos necessários.

Recursos Necessários

  • Os principais recursos utilizados no tutorial incluem: AutoDock, MGL Tools, Discovery Studio e Open Babel.
  • O Open Babel é um conversor que permite transformar formatos de ligantes (como MDL, SDF ou MOL) para PDB, que é o formato lido pelo AutoDock.

Download dos Softwares

  • Links para download dos softwares estão disponíveis na descrição do vídeo; inclui versões do AutoDock e MGL Tools.
  • O processo de download envolve acessar as páginas específicas dos softwares e baixar as versões adequadas para Windows.

Instalação dos Softwares

  • A instalação começa com os MGL Tools; recomenda-se não alterar a pasta de destino durante a instalação.
  • Após instalar os MGL Tools, prossegue-se com a instalação do AutoDock e Open Babel, seguindo o mesmo princípio de manter as pastas padrão.

Preparação do Sistema

  • Após instalar todos os softwares necessários, é preciso copiar arquivos executáveis da pasta onde o AutoDock foi instalado para uma pasta de trabalho final.
  • Arquivos específicos como "autogrid4" e "autodock4" devem ser copiados da pasta do AutoDock para a nova localização designada.
Video description

#AutoDock #HowtoinstallAutoDock #HowtoInstallMGLTools #HowtoInstallDiscoverystudio KNP's Pharmaceutical Chemistry Welcome All Installation Links 1. Auto Dock: https://autodock.scripps.edu/download-autodock4/ 2. MGL Tools: https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/ 3. Discovery Studio: https://discover.3ds.com/discovery-studio-visualizer-download 4. Open Babel: https://github.com/openbabel/openbabel/releases After Installation 1. copy two files from the below path C:\Program Files (x86)\The Scripps Research Institute\Autodock\4.2.6 from the distination folder copy autodock4 & autogrid4 past those two files in your working directory/folder 2. copy two files from the below path C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\Lib\site-packages\AutoDockTools from the distination folder copy AD4.1_bound.dat & AD4_parameters.dat past those two files in your working directory/folder Links for Complete AutoDock 4.2.6 Tutorials Part-1: Installation and Preparing your System https://youtu.be/ktJBrjlcgZc Part-2: Protein Cleaning https://youtu.be/aXm0xQAx97c Part-3: Protein Preparation https://youtu.be/SyWOeVI48as Part-4: Ligand Preparation https://youtu.be/PE48ouuYR3Y Part-5: Generation of Grid Parameter File (GPF) https://youtu.be/mpNZJAC2G94 Part-6: Generation of Docking Parameter File (DPF) https://youtu.be/s2nkYwUQb8s Part-7: Running AutoGrid https://youtu.be/kSwJX5nYy5o Part-8: Running AutoDock Simulations https://youtu.be/0nYMZBCZH_g Part-9: Analysing and Interpreting Results https://youtu.be/9sJfYz-SN2U