AutoDock4.2.6 Part-4 Ligand Preparation

Preparação de Ligantes com AutoDock 4.2.6

Fontes de Ligantes

• O vídeo aborda a preparação de ligantes utilizando o AutoDock 4.2.6, destacando que as fontes de ligantes podem ser online ou criadas localmente.

• Menciona bancos de dados como PubChem, ChemSpider, Drug Bank, e outros, onde é possível baixar ligantes.

Criação e Conversão de Estruturas

• Demonstra a busca por uma estrutura 3D no ChemSpider e o download do formato MDL mole.

• Explica a necessidade de converter o arquivo para o formato PDB para que o AutoDock possa ler corretamente.

Preparação do Ligante para Docking

• Após abrir a estrutura no Discovery Studio, o ligante é adicionado em verde e são realizados ajustes como adição de hidrogênio polar.

• A configuração das torções do ligante é feita, destacando que apenas 13 dos 32 laços são rotacionáveis.

Finalização da Preparação