AutoDock4.2.6 Part-2 Protein Cleaning

Como Limpar uma Proteína: Parte 2

Introdução ao Processo de Limpeza da Proteína

• O tutorial aborda o processo de limpeza de proteínas, começando com o download da proteína do Protein Data Bank (PDB).

• Existem duas maneiras de buscar proteínas: por nome (exemplo: quinase de tirosina) ou pelo ID PDB (exemplo: 6I81).

Download e Visualização da Proteína

• Após encontrar a proteína pelo ID PDB, ela é baixada em formato PDB.

• A visualização inicial mostra componentes como ligantes, moléculas de água e o sítio ativo da proteína.

Etapas para Limpeza da Proteína

• A primeira etapa na limpeza é deletar todas as moléculas de água selecionadas, utilizando a tecla delete.

• Em seguida, pequenos ligantes são removidos através de um clique duplo sobre eles e pressionando delete novamente.

Salvamento do Ligante e Proteína

• Se for necessário comparar estudos com um ligante específico, ele deve ser salvo; caso contrário, pode ser excluído.

• O ligante é salvo em uma nova janela molecular no formato PDB como "controle".

Finalizando a Limpeza da Proteína

• Após separar o ligante do restante da proteína, resta apenas a proteína limpa.