AutoDock4.2.6 Part-7 Running AutoGrid

AutoDock4.2.6 Part-7 Running AutoGrid

Como executar o AutoGrid no AutoDock 4.2.6?

Introdução ao AutoGrid

  • O vídeo apresenta a parte 7 do tutorial sobre docking molecular usando o AutoDock 4.2.6, focando na execução do comando AutoGrid.
  • O objetivo é gerar vários mapas de grade que serão utilizados durante o processo de docking.

Configuração do Diretório de Trabalho

  • É necessário escolher um diretório de trabalho final; neste caso, foi selecionado "produto_demo".
  • A pasta deve conter os arquivos de instalação do AutoGrid e AutoDock para facilitar a execução.

Execução do Comando AutoGrid

  • Após abrir o caminho correto, é preciso selecionar o arquivo GPF (Grid Parameter File), que configura os parâmetros da grade.
  • Um arquivo de log será gerado automaticamente durante a execução do comando.

Monitoramento da Execução

  • Durante a execução, é possível observar se o programa está funcionando corretamente através da geração dos arquivos de mapa.
  • Vários arquivos de mapa são gerados automaticamente até que a janela se feche, indicando que a execução foi concluída com sucesso.

Conclusão da Execução

Video description

KNP's Pharmaceutical Chemistry Welcome All Running AutoGrid using AutoDock 4.2.6 Links for Complete AutoDock 4.2.6 Tutorials Part-1: Installation and Preparing your System https://youtu.be/ktJBrjlcgZc Part-2: Protein Cleaning https://youtu.be/aXm0xQAx97c Part-3: Protein Preparation https://youtu.be/SyWOeVI48as Part-4: Ligand Preparation https://youtu.be/PE48ouuYR3Y Part-5: Generation of Grid Parameter File (GPF) https://youtu.be/mpNZJAC2G94 Part-6: Generation of Docking Parameter File (DPF) https://youtu.be/s2nkYwUQb8s Part-7: Running AutoGrid https://youtu.be/kSwJX5nYy5o Part-8: Running AutoDock Simulations https://youtu.be/0nYMZBCZH_g Part-9: Analysing and Interpreting Results https://youtu.be/9sJfYz-SN2U