AutoDock4.2.6 Part-3 Protein Preparation

Preparação de Proteínas para Docking com AutoDock 4.2.6

Introdução ao Tutorial

• O tutorial é a terceira parte de uma série sobre produtos, focando na preparação de proteínas para docking usando o software AutoDock 4.2.6.

• A proteína que será utilizada foi previamente limpa na segunda parte do tutorial.

Configuração Inicial do AutoDock

• Ao abrir o AutoDock Tools, a interface do usuário é apresentada e o primeiro passo é configurar as preferências.

• É necessário ir em "Arquivo" > "Preferências" e alterar o diretório inicial para facilitar o acesso aos arquivos de trabalho.

Preparação da Proteína

• Para preparar a proteína, deve-se acessar "Arquivo" > "Ler Molécula" e selecionar a proteína limpa no diretório de trabalho.

• Adição de hidrogênios: através da opção "Editar" > "Hidrogênios", são adicionados apenas hidrogênios polares, essenciais para dar carga à proteína.

Adição de Cargas e Salvamento

• Após adicionar os hidrogênios, as cargas devem ser incluídas acessando "Editar" > "Cargas", onde se adicionam as cargas Coleman.

• A estrutura da proteína deve ser salva no formato PDBQT (com extensão .pdbqt), que indica que a estrutura está pronta para uso no AutoDock.

Conclusão da Preparação