Vídeo 1 Estrutura de Laudo Guilherme Yamamoto

Introdução ao Curso de Capacitação em Análise de Sequenciamento Genético

Apresentação do Palestrante

• Guilherme Lopes AM Amuto, médico geneticista e coordenador de bioinformática no CENS da USP, apresenta-se como o instrutor da aula.

• A aula foca na estrutura de um laudo de teste genético, especialmente em relação a testes de sequenciamento de nova geração.

Importância dos Laudos Genéticos

• O parecer técnico da Sociedade Brasileira de Genética Médica e Genômica (SBGM), emitido em 2020, é mencionado como referência para a elaboração dos laudos.

• A RDC nº 302/2005 é citada como uma norma que deve ser seguida por todos os laudos de testes genéticos.

Estrutura do Laudo Genético

• O laudo deve conter identificação do paciente (nome completo, data de nascimento e sexo), dados do médico solicitante e informações sobre o laboratório.

• É necessário incluir a indicação clínica do teste e um resultado claro que se destaque no documento.

Requisitos Adicionais para Laudos

• Para hibridação genômica comparativa e sequenciamento, devem ser incluídos dados das variantes encontradas.

• A RDC nº 736/2023 substitui a anterior e mantém requisitos semelhantes quanto à legibilidade e assinatura por profissionais habilitados.

Detalhes Específicos do Laudo

• O laudo deve ser datado, assinado por um profissional legalmente habilitado e conter informações detalhadas sobre o laboratório responsável pela análise.

• Informações adicionais incluem data da coleta, tipo de material analisado, método analítico utilizado e limitações técnicas.

Classificação de Variantes Genéticas

Importância da Classificação

• A classificação das variantes é fundamental para a interpretação correta dos resultados dos testes genéticos.

• O curso abordará como classificar variantes genéticas com base em evidências clínicas e laboratoriais disponíveis.

Conclusão Inicial

Classificação de Variantes Genéticas e Padrões de Herança

Importância da Classificação de Variantes

• A classificação de variantes genéticas deve incluir a nomenclatura da variante, o gene associado e o padrão de herança para determinar a probabilidade causal entre uma variante e uma doença.

• É essencial que a variante seja considerada patogênica para um fenótipo específico, pois genes podem estar associados a múltiplas doenças com diferentes padrões de herança.

Mecanismos de Herança

• Existem genes que causam doenças distintas dependendo do tipo de variante; por exemplo, variantes dominantes negativas ou perda de função podem levar a doenças semelhantes com padrões diferentes.

• Ao classificar variantes, é crucial especificar se são patogênicas para uma doença específica em um determinado padrão de herança.

Desafios na Classificação

• Não é suficiente afirmar que uma variante é patogênica sem relacioná-la diretamente à doença e ao padrão hereditário; isso pode levar a confusões sobre sua relevância clínica.

• Uma mesma variante pode ser classificada como patogênica para uma condição e como VUS (Variant of Uncertain Significance - Variante de Significado Incerto) para outra, complicando ainda mais as interpretações clínicas.

Exemplos Práticos na Interpretação

• Um exemplo prático envolve o gene RYR1, que está associado tanto a doenças musculares quanto à hipertermia maligna. A classificação deve considerar essas associações separadamente.

• A evidência clínica pode auxiliar na classificação da variante, mas essa classificação deve ser independente do quadro clínico do paciente.

Estrutura dos Laudos Genéticos

• Os laudos devem distinguir claramente entre a classificação da variante e sua associação com um indivíduo específico; isso ajuda na interpretação correta dos resultados.

• O laudo típico inclui identificação do paciente, dados demográficos e informações sobre o teste solicitado. Isso garante anonimato enquanto permite rastreamento adequado das amostras.

Considerações Finais sobre Identificação no Laudo

• Informações como sexo biológico são cruciais para evitar trocas de amostras durante testes genéticos.

Laudo Genético: Estrutura e Interpretação

Identificação Inicial do Laudo

• A identificação inicial no laudo inclui informações sobre o teste, paciente e amostra. Essa parte é comum entre laboratórios e geralmente não muda.

Resultados do Teste

• O resultado é destacado em azul, conforme recomendado pela RDC. Um exemplo apresentado é de um teste negativo com três resultados distintos.

• No caso de um paciente com autismo e suspeita de deleção 22q 1.21, o sequenciamento do exoma completo não identificou variantes patogênicas ou relevantes.

• O DNA mitocondrial também foi analisado, sem detecção de variantes significativas. A separação dos resultados nucleares e mitocondriais depende da organização do laboratório.

Avisos Adicionais no Laudo

• Um terceiro aviso menciona que não foram detectadas variantes de número de cópia (CNV), especificamente microdeleções ou duplicações na região cromossômica suspeita.

• É importante que o laudo seja direcionado à indicação clínica para ajudar o médico a entender se a análise foi feita adequadamente.

Conclusões e Comentários

• A conclusão indica que não foram encontradas variantes associadas ao quadro clínico do paciente, facilitando a interpretação do resultado negativo.

• Comentários adicionais são úteis quando há uma variante patogênica encontrada; no entanto, neste caso negativo, os comentários servem apenas para reforçar a ausência de achados relevantes.

Detalhamento Técnico

• O laudo deve incluir detalhes técnicos sobre como foi realizado o sequenciamento do exoma completo, incluindo kits utilizados e dados de qualidade do teste.

Análise de Variantes Genéticas em Exomas

Padrão Ouro e Classificação de Variantes

• O padrão ouro é utilizado principalmente para identificar deleções e duplicações pequenas no exoma, com um detalhamento técnico dos softwares utilizados e limitações do processo.

• Cada laboratório pode classificar variantes de maneira diferente, como exemplificado por testes para autismo, utilizando critérios do ACMG e bancos de dados como ClinVar e HGMD.

Importância das Ferramentas Computacionais

• Para a análise de autismo, são importantes ferramentas como ISF, Mil Genomas, Nomad, Ravel Splice AI e Mutation Taster que ajudam na classificação das variantes.

• Variantes não relacionadas ao quadro clínico são classificadas como benignas ou VUS (variantes de significado incerto), especialmente se a frequência for maior que 1%.

Resultados Negativos em Testes Genéticos

• Um resultado negativo indica que não foram identificadas variantes patogênicas para doenças raras com tratamento indicado; o paciente pode optar por investigar variantes secundárias.

• A ausência de variantes raras monogênicas sugere uma etiologia multifatorial do autismo, dado que 80% dos casos têm origem genética.

Limitações da Análise Genética

• O teste não identifica variantes comuns associadas à herança multifatorial; essas podem ser classificadas como benignas ou VUS segundo os critérios atuais.

• Apenas 20 a 25% dos casos de autismo são causados por variantes raras; as VUS só serão incluídas se estiverem nas categorias S1 ou S2 do SFARI.

Reanálise e Referências Técnicas

• A reanálise de variantes exônicas após dois anos pode ser proveitosa; um laudo deve conter referências relevantes sobre genes analisados.

• É recomendado que o laudo seja conciso, contendo informações essenciais na primeira página. Detalhamentos técnicos podem ser apresentados em páginas subsequentes.

Exemplos Práticos em Laudos Genéticos

Análise de Variantes Patogênicas em DNA Mitocondrial

Interpretação de Variantes

• O analista conclui que a variante identificada no DNA mitocondrial está associada ao quadro clínico do paciente, apesar de não terem sido encontradas variantes patogênicas ou PR patogênicas.

• A variante classificada como provavelmente patogênica deve ser relacionada a uma doença específica e um padrão de herança, sendo que informações adicionais são frequentemente colocadas nos comentários para manter os resultados concisos.

• A interpretação sugere que o quadro clínico da paciente é decorrente da variante descrita, identificada em homozigose e classificada como provavelmente patogênica para síndrome de Deão do DNA mitocondrial com herança autossômica recessiva.

Apresentação dos Resultados

• Recomenda-se incluir uma tabela nos laudos para facilitar a visualização das variantes, contendo informações como gene, nomenclatura HGVS e localização cromossômica.

• É crucial reportar a fração do alelo alterado e a cobertura na posição específica da variante. No caso analisado, houve uma cobertura média de 131x.

Qualidade da Variante

• Para a variante específica descrita, foi encontrada uma cobertura de 158 vezes com todas as bases lidas como alternadas, indicando alta confiança na qualidade da variante.

• Se a fração alélica for baixa (ex: 15%), pode indicar um falso positivo. Informações sobre cobertura local e balanço alélico são essenciais para validar se a heterozigose é verdadeira.

Frequência Alélica e Classificação

• A frequência alélica em populações específicas é considerada um critério importante para determinar a patogenicidade da variante.

• O laudo inclui informações sobre o gene FBXL4 associado à síndrome de depressão do DNA mitocondrial, que pode manifestar-se com atraso global no desenvolvimento e convulsões.

Conclusões Finais

• O aconselhamento genético pós-teste deve ser realizado por profissionais de saúde qualificados após o resultado do teste ser disponibilizado ao paciente.

• As variantes CNV foram testadas mas não encontradas; essa informação foi destacada separadamente no laudo para enfatizar as variantes consideradas provavelmente patogênicas.

• A classificação da variante como provavelmente patogênica se baseia em critérios específicos: raridade nas bases populacionais (PM2), detecção em homozigose (PM3), entre outros fatores relevantes.

Importância do Laudo em Testes Genéticos

Estrutura e Conteúdo do Laudo

• Um laudo completo deve ser descritivo e conter informações obrigatórias conforme a RDC, incluindo a classificação da variante em um gene específico para uma doença.

• É essencial não apenas mencionar que a variante é provavelmente patogênica, mas também especificar o fenótipo associado e o padrão de herança.

Interpretação Clínica

• A interpretação clínica final cabe ao profissional de saúde solicitante, que pode ter acesso à segregação da variante e ao quadro clínico do paciente.

• O médico pode reclassificar a variante com base em evidências adicionais que não estavam disponíveis no momento do teste.

Considerações Finais sobre Aconselhamento Genético

• Todos os testes genéticos devem ser acompanhados de aconselhamento genético, considerando dados clínicos, histórico familiar e outros exames do paciente.