AutoDock4.2.6 Part-9 Analysing and Interpreting Results

Análise e Interpretação dos Resultados de Docking

Introdução ao Docking Molecular

• O vídeo aborda a análise e interpretação dos resultados de docking molecular utilizando o AutoDock 4.2.6, focando na comparação entre um fármaco e um controle.

• É necessário abrir a pasta de trabalho final do fármaco para encontrar o arquivo DLG (docking log file), que pode ser aberto com o Notepad.

Análise do Arquivo DLG

• Ao buscar por "histograma" no arquivo DLG, é possível identificar a energia de ligação mais baixa, que corresponde à confirmação 5, com uma energia de -7.76 kcal/mol.

• Detalhes adicionais da execução 5 incluem uma constante inibitória (Ki) de 2.05 micromolar e as orientações dos átomos do fármaco em relação à energia mínima obtida.

Visualização dos Resultados

• Para visualizar os resultados, deve-se abrir o AutoDock e carregar o arquivo DLG junto com a macromolécula (proteína).

• A confirmação número um mostra como o fármaco se liga; ao alternar entre as confirmações, observa-se diferentes interações.

Salvamento das Confirmações

• A quinta confirmação é considerada a melhor devido à menor energia de ligação; ela será salva no formato PDBQT.

• O nome do arquivo segue um padrão que inclui o nome da proteína (6I81), o ligante (vin cristão), e o número da execução (run five).

Análise das Interações no Discovery Studio

• Após abrir o arquivo PDBQT no Discovery Studio, são visualizadas as interações entre os átomos ou aminoácidos que interagem diretamente com o ligante.

• Um diagrama 2D pode ser gerado para mostrar as interações entre vin cristão e vários aminoácidos da proteína; distâncias em angstrom também podem ser exibidas.

Comparação das Energias de Ligação

• É importante comparar as energias de ligação e as interações entre os aminoácidos do ligante e do controle para chegar a conclusões sobre a eficácia do fármaco.